Тобольская епархия учреждена в 1620 г. Патриархом Филаретом с целью духовно-нравственного просвещения народов Сибири и Дальнего Востока, присоединенных к России при Иване Грозном. Обширная Сибирская епархия с центром в городе Тобольске простиралась от Урала до Тихого океана и от степей Казахстана до Китая. Первым архипастырем Тобольским и Сибирским стал архиепископ Киприан. При архиепископе Нектарии в 1636 г. произошло явление чудотворной Абалакской иконы Божией Матери "Знамение" с предстоящими Святителем и Чудотворцем Николаем и преподобной Марией Египетской.

В 1667 г. на Большом Московском Соборе в присутствии Восточных Патриархов Сибирская архиепископия была возведена в степень митрополии. На Сибирскую кафедру в разное время назначались многие достойные архипастыри, среди которых есть и прославленные в лике святых. Это святитель Димитрий Ростовский, не прибывший на Тобольскую кафедру по болезни, митрополит Филофей (Лещинский), построивший 228 церквей и крестивший 40000 инородцев, святитель Иоанн (Максимович), глубоко почитаемый сибиряками за свою кротость и любовь к людям.

В 1703 г. во исполнение указа Петра I митрополит Филофей (Лещинский) на Софийском дворе Тобольского кремля открыл первую в Сибири славяно-русскую школу для детей священнослужителей, которая в 1743 г. при митрополите Антонии (Нарожницком) была преобразована в Тобольскую Духовную Семинарию, ставшую центром духовного образования в Сибири и просуществовавшую до 1919 г.

Тобольско-Тюменская епархия в ее современном состоянии была образована в январе 1990 года, согласно решению Священного Синода и по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Пимена, будучи выделенной из Омско-Тюменской епархии. Границы Епархии совпадают с административными границами Тюменской области, в состав которой на Севере входят Ханты-Мансийский и Ямало-Ненецкий автономные округа (ХМАО и ЯНАО). На Севере она простирается до Обской губы, на Юге доходит до степей Казахстана, на Западе - до предгорьев Урала, на Востоке - до Сибирских равнин. Общая численность населения области составляет около трех миллионов человек.

Со времени епископской хиротонии 4 ноября 1990 года (праздник Казанской иконы Божией Матери) до настоящего времени архипастырское служение в Тобольско-Тюменской Епархии несет Архиепископ Димитрий (Капалин).

По состоянию на 1 января 2004 года в Тобольско-Тюменской Епархии действуют 179 приходов.

Традиционно самая активная духовно-просветительская работа концентрируется в городе Тобольске, поскольку здесь, у мощей святителя Иоанна, митрополита Тобольского и всея Сибири чудотворца, в древнем Тобольском Кремле находится центр Епархии. Здесь постоянное местопребывание Управляющего Епархией, здесь располагаются третьи в Русской Православной Церкви по численности учащихся Духовные школы, Абалакский мужской и Иоанно-Введенский женский монастыри.

В Тобольской Духовной семинарии в 2003 году широко праздновалось 300-летие духовного образования в Сибири, и был произведен 10-й юбилейный выпуск. На данный момент восстановленная в 1989 году Семинария выпустила уже более двухсот человек, большая часть которых усердно трудится на благо Церкви и Отечества во многих уголках нашей страны.