Город Тобольск - древняя столица Сибири. Своеобразие природных ландшафтов обусловило образование двух частей города верхний и нижний (подгорной). На верхней части Троицкого мыса расположен Тобольский кремль жемчужина Сибири. В ансамбль Тобольского кремля входит Софийско-Успенский собор с ризницей, колокольня, Архиерейский дом, башня и стены, Рентерея, комплекс здания бывшего дворца Наместника, Гостиный двор. Тюремный замок и подгорные стены Прямского взвоза - сооружения XVIII. Все перечисленные выше здания и сооружения являются памятниками истории и культуры федерального значения и входят в комплекс государственного историко-архитектурного музея-заповедника. На памятниках ведутся работы по реставрации, реконструкции и приспособлении под духовные культурные центры.

Здание дворца Наместника со своими службами располагается на прежней воеводской части Тобольского кремля; заключает в себе фрагменты строения приказной палаты, построенной С. У. Ремезовым в начале XVIII века. Более трех веков осуществлялось отсюда управление огромными территориями Сибири. Приспособление здания бывшего дворца Наместника под филиалы ТГИАМЗ: музей истории города, музей этнографии и музей природы позволит увеличить экспозиционные площади ТГИАМЗ почти на 3000 кв.м.

Разделяет Троицкий мыс на две части. В настоящем виде Софийский взвоз это 198 ступенек деревянной лестницы, а дальше булыжная дорога, стиснутая кирпичными подпорными стенами. Сухой лог, пересекающий Троицкий мыс с момента основания города использовался для въезда на гору. Первые сто лет взвоз не имел никакого покрытия и в дождливую погоду глинистые почвы делали подъем по нему очень трудным. В 1671 году появилась первая деревянная лестница, а в 1750- х годах прапорщик драгунского полка Яков Укусников разработал проект деревянного Софийского взвоза. Несколько лет строился этот 400 - метровый взвоз, а через 30 лет склоны его верхней части пришлось укреплять кирпичными подпорными стенами. Получилось очень солидное и монументальное инженерное сооружение: каждая стена протянулась на 110 метров, высота их в самой высокой части составила 14,6 метра. Высокие стены взвоза заканчиваются невысокими тумбами - обелисками.

Здание казенной палаты построено при генерал-губернаторе сибирском М. П. Гагарине пленными шведами ("числом человек триста и более") под руководством шведа Ягана. Автор проекта - тобольский архитектор С. У. Ремезов. Здание построено за три года - с 1714 по 1717гг.

Вскоре после постройки стало использоваться как рентерея - казнохранилище, где хранился ясак - пушнина.
С конца XVII века по 1990-е гг. здание использовалось как архивохранилище.
Единственное в области здание, соединяющее в себе черты скандинавского средневековья, древнерусского зодчества и архитектуры петровской эпохи. Первое в Сибири триумфально-мемориальное сооружение.
После завершения реставрации (2005 г.) в здании планируется разместить музей древнейшей истории и археологии - филиал ТГИАМЗ.

Гостиный двор построен по проекту С. У. Ремезова (архитектора, картографа, историка) в 1703-1708 г.г. План здания представляет каре с двумя восточными и западными въездными воротами. Здание двухэтажное с подвальными помещениями. На верхнем этаже располагались гостиничные помещения, на первом этаже - торговые лавки, а под ними кладовые для хранения товаров. Композиционно-планировочная схема гостиного двора сочетает в себе древнерусской архитектуры с элементами восточной и напоминает бухарские караван - сараи. Углы здания замыкают круглые башни, над восточными проездными воротами располагалась таможня, а над западными - часовня.

Со второй половины 18 века в здании размещались татарская комиссия, словесный суд, тюрьма, купеческая гостиница, ряд губернских учреждений, а с 1764 года и губернская аптека. В 1788 году в бывший Гостиный двор были переведены губернские присутственные места. После реставрации (2008 г.) в здании разместятся музей истории торговли Сибири, мастерские народных умельцев, гостиница, торгово-туристический центр ТГИАМЗ.

Самой ранней постройкой Софийского двора является Софийско-Успенский собор (1686 г). Строительство его связано с организацией Сибирской митрополии. Собор мыслился как главное сооружение Сибири.

Прототипом собора является Вознесенский собор Московского кремля. Софийский собор построен по типу крестово купольных храмов, имевших распространение на Руси.

В 18 веке к собору были сделаны две пристройки - северный Златоустовский предел и ризница - хранилище церковной утвари.

Одновременно с собором начали строить и колокольню. Располагалась она к юго-востоку от Софии. Оба сооружения возводили присланные из Москвы каменных дел подмастерья Герасим Шарыпин и Гаврила Тютин с двумя помощниками и артелью каменщиков. Первое здание колокольни простояло 110 лет и обрушилось от тяжести висевших на ней колоколов. Второе здание рухнуло в 1792 году, а третье закончено в 1797 году по проекту архитектора Ф. Уткина.

На колокольне собора находилось 15 колоколов, в том числе и самый большой колокол Сибири весом 1011 пудов и 22 фунта (16.124 кг 800 грамм). Кроме чистой меди в колокол было добавлено большое количество серебра, что придавало его звучанию "серебряный" тембр. Четыре колокола поменьше были дарованы в Тобольск царями Алексеем, Федором, Иваном и Петром. Здесь же на колокольне находился и ссыльный Углический колокол.

Теплый храм возле кафедрального собора был заложен при Тобольском митрополите Антонии Втором Нарожницком в 1743 году. Это событие возвестило о новом этапе каменного строительства. Сверкающий стиль барокко сменил деловито праздничную петровскую архитектуру.

Новый архитектурный стиль не замедлил сказаться и на практике Тобольского зодчества. Все городские церкви, которые закладываются в это время, все до единой выполнены в стиле барокко.

В центре Софийского двора находится здание консистории, построенное в 1787 году. Консистория ведала всеми делами приказа, а также миссионерской деятельностью церкви в Сибири по борьбе с еретиками и раскольниками.

Рядом со зданием консистории находится колоколенка, выстроенная в 1868 году, на которой находился ссыльный Углический колокол. После ссылки в Тобольск в 1593 году колокол несколько лет находился в ограде Благовещенской церкви, а затем на колокольне церкви Спаса. После пожара в церкви, он был помещен на верхнем ярусе колокольни Софийского собора.

Это здание можно назвать блуждающим, т.к. четыре его предшественника в разные годы возникали и исчезали в разных местах Софийского двора. Пятое здание было заложено в 1773 году и закончено в 1775. Здание дошло до наших дней в хорошем состоянии.
Архиерейский дом стал своеобразным памятником строительной деятельности губернатора Чичерина, 18 лет правившего Сибирью. С 1925 года в здании разместился губернский музей. Ныне здесь находятся экспозиции музея истории духовной культуры и природы ТГИАМЗ.

Проект тюремного замка был выполнен помощником тобольского архитектора Вайгелем в 1838 году. Тюремный замок представлял собой комплекс из 5-ти зданий, выполненный в стиле позднего классицизма.
Больничный корпус является одним из архитектурно-планировочных объектов на территории Тобольского тюремного замка. Здание выполнено в стиле позднего классицизма во второй четверти XIX века, а в конце ХХ века перестроено.
Приспособление здания бывшего больничного корпуса под научную библиотеку ТГИАМЗ позволит создать условия для хранения и использования всего книжного фонда, который постоянно пополняется.

В середине XVIII века на территории Малого города вдоль бровки Прямского взвоза было построено два небольших каменных здания - гауптвахта и аптека. В пожаре 1788 года эти два здания и стоявший рядом Наместнический дворец сильно пострадали. В 1820-х г. г. петербургским архитектором Давидом Висконти был разработан план восстановления сгоревших зданий. При этом дворец Наместника превращается в здание губернских присутственных мест (наместничество было упразднено в 1799 г.), а на месте аптеки и гаупвахты был запроектирован служебный корпус. После постройки этого корпуса в нем разместилась губернская судебная палата.

В XX веке здание подверглось значительной перепланировке. В настоящее время часть здания используется как выставочный зал ТГИАМЗ. После реконструкции и реставрации основной части здания в нем разместятся художественные и реставрационные мастерские, а также кафе-буфет.